Struktur Organisas Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Provinsi Kalimantan Timur sesuai Peraturan Gubernur Kalimantan Timur Nomor 68 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Provinsi Kalimantan Timur yaitu :
Kepala Dinas;
Sekretariat, membawahkan :
- Subbagian Perencanaan Program
- Subbagian Umum
- Subbagian Keuangan
Bidang Mineral dan Batubara, membawahkan :
- Seksi Pengusahaan Mineral dan Batubara
- Seksi Pembinaan Teknik Mineral dan Batubara
- Seksi Produksi dan Penjualan Mineral dan Batubara
Bidang Geologi dan Air Tanah, membawahkan :
- Seksi Pemetaan Geologi
- Seksi Konservasi Air Tanah
- Seksi Pengawasan Pemanfaatan Air Tanah
Bidang Ketenagalistrikan, membawahkan :
- Seksi Pengusahaan Ketenagalistrikan
- Seksi Pengembangan Ketenagalistrikan
- Seksi Teknik dan Lingkungan Ketenagalistrikan
Bidang Energi Baru Terbarukan dan Konservasi Energi, membawahkan :
- Seksi Bio Energi
- Seksi Aneka Energi Baru dan Terbarukan
- Seksi Konservasi Energi
Kelompok Jabatan Fungsional.